logo

معرفی سایت

خرداد ماه 1391 آستین بالا زدیم و جمع شدیم تا جماعتی رو بسازیم به نام جامعه ی دانشجویان بیوتکنولوژی تا همیشه کنار شما باشیم .جامعه ی دانشجویان بیوتکنولوژی نشانی بود بر تلاش تمام کسانی که از ابتدا یاورمان بودند و نامی شد تا از اولین ها باشیم میان سایت های بیوتکنولوژی .هرچند این شروع نو را بدون سختی و دشواری نگذراندیم اما یزدان را شکر که با توکل به او و یاری دوستانی که همواره در کنارمان بودند ، نگرانی از بقاء این گروه متحد لحظه ای به ذهنمان خطور نکردو گام به گام با شعف عبور کردیم و اکنون بر آنیم تا با خدماتی بهتر پاسخگوی تمام نیاز های علمی شما عزیزان باشیم

 

ورود کاربران

Researchers tune in to protein pairs

Rice University scientists have created a way to interpret interactions among pairs of task-oriented proteins that relay signals. The goal is to learn how the proteins avoid crosstalk and whether they can be tuned for better performance

Each cell contains thousands of these two-component signaling proteins, which often act as sensors and trigger the cell to act

The new research has significance for bioengineers who try to understand and modify signaling pathways to treat disease or carry out tasks. A paper on the research done at the Center for Theoretical Biological Physics (CTBP) at Rice's BioScience Research Collaborative appears online this month in the Proceedings of the National Academy of Sciences.

The research team led by Rice physicist José Onuchic and bioengineer Herbert Levine used the predictive power of their pioneering direct coupling analysis statistical method to compare the genomic roots of thousands of protein pairs collected from many different bacterial organisms. Their product is a new metric to judge how mutations affect the way the pairs work

Two-component systems are usually disconnected proteins that transmit signals to trigger many types of actions within cells. In bacteria, for instance, the first component is a histidine kinase (HK) that senses conditions outside a cell and triggers the creation of a signal in a process called "autophosphorylation." The signal (that is, the phosphoryl group) generated on the kinase can then be passed to a response regulator (RR) protein, akin to a baton in a relay race. The regulator takes the baton and then generates a physiological response through the activation or repression of genes

A central question for the researchers was how these kinases and regulators coevolve to recognize each other in a crowd, and why there's so little crosstalk leading to mismatched pairs

"If we are going to figure out how cells are able to compute, we need to understand the specificity for interactions between different biomolecules," Onuchic said. "In the specific case of this paper, that would be why a particular kinase interacts to one response regulator much more than another one.

"This is a real challenge, since all these response regulators are very similar and the same chemistry takes place. The molecular/genomic approach is creating the tools to quantitatively understand these processes."

Because there can be tens of thousands of distinct signaling proteins in a single bacterium, this kind of analysis has been nearly impossible until recent times. First, a database of enough sequences of these HK/RR pairings had to be available to make a survey valid. Second, the researchers needed enough computational power to make sense of them

The acceleration in recent years of genome sequencing gave Ryan Cheng and Faruck Morcos, both Rice postdoctoral researchers and lead authors of the study, plenty of raw material to work with as they chose several families of bacterial signaling systems to analyze. Rice's DaVinCI and SUGAR supercomputing systems were instrumental in proving their Direct Information Score (DIS) method of quantifying the effects of mutations on the signaling capability of protein pairs

"Nature uses the same template for all these proteins, so their structures are very similar," Morcos said, "but they still manage to avoid crosstalk. There's something in the interfaces and the way they interact that allows them to recognize each other

"We were motivated to address the question of how these proteins interact with their partners and not some other signaling network," Cheng added

They applied DIS to the genomic data of known signaling partners for bacillus subtillis, bacteria found both in soil and in humans that sense environmental distress and control the process known as sporulation, by which the mother cell dies and forms spores. They also applied it to 22 versions with mutations that altered the proteins' signaling process.

The DIS scores that resulted from their simulations showed the degree to which sporulation was either enhanced or decreased, depending on the specific mutation. Enhanced sporulation gave the mutants a positive DIS; decreased sporulation gave them a negative DIS. (Non-mutant, "wild-type" signaling partners were given a DIS of 0.) The scores, they found, attached specific numbers to the results of previous experiments by others.

"We can take any kinase and response regulator sequence and compute a score for it," Cheng said. "We argue that the higher the score for a new mutant, the more effectively it will interact with its partner. Negative scores hurt the interaction -- and sometimes that's what you want to happen

After confirming similar experiments with genomic data from Escherichia coli protein pairs, Morcos and Cheng turned the tables. In new simulations, they scrambled thousands of protein pairs to make their matching capabilities truly random. Those that still found a relay partner led them to build a "null" DIS.

"The null model is a different concept," Cheng said. "We were looking for very general properties of signaling, and we scrambled the proteins so we no longer had any information as to whether they were paired. They could even be from other organisms

"If the results showed us a signal, then it had to be a general signal about the binding mode that all pairs share," Morcos said. He explained that subtracting those generalities from known binding pairs leaves sequence information that is specific only to those pairs. "We end up with sequence data that only refers to the two proteins that detect or recognize each other," he said. That should allow experimentalists to improve their ability to make mutations for specific purposes, he noted

"All of this is very useful for people who want to re-engineer bacterial systems," said Cheng. Long-term potential uses include engineering proteins to design biosensors and to better break down contaminants at the site of an environmental spill, he said

"It has been a challenge to use the molecular biophysics of specific proteins to predict how mutations in those proteins change the cellular phenotype," Levine said. "Here we succeed in showing that the intelligent combination of physical simulation and informatics-based methods can crack this tough problem

source:ScienceDaily

/index.php/81-استخدامی/156-استخدام-پژوهشگاه-ابن-سینا-جهاد-دانشگاهی-دانشگاه-شهید-بهشتی

پژوهشگاه ابن سینا جهاد دانشگاهی واحد دانشگاه شهید بهشتی، کارشناس فروش و بازاریابی مسلط به ...

/index.php/81-استخدامی/155-استخدام-شرکت-“فردای-سبز-ایرانیان”

شرکت فردای سبز ایرانیان، نمایندگی Bioprodukte Prof .Steinberg GmbH، عرضه کننده مکمل غذایی Algomed ...

/index.php/81-استخدامی/93-استخدام-گروه-مشاوران-تحلیل-گستر

متن آگهی گروه مشاوران تحلیل گستر  در راستای تامین نیروی انسانی مورد نیاز شرکت های دانش بنیان و ...

Has no connect to show!

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/222-تحلیل-آزمون-سال-92-کارشناسی-ارشد-زیست-سلولی-و-مولکولی

تحلیل آزمون سال 92 کارشناسی ارشد زیست سلولی و مولکولی بیوشیمی تعداد سوالات درس بيوشيمي از 25 ...

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/221-تعداد-سوالات-مجموعه-زیست-شناسی-سلولی-و-ملکولی

تعداد سوالات مجموعه زیست شناسی سلولی و ملکولی   از سال 91 مجموعه زیست شناسی به 3 گروه جداگانه ...

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/220-نام-دروس-و-ضرایب-کارشناسی-ارشد-زیست-شناسی-سلولی-و-مولکولی-سراسری

نام دروس و ضرایب کارشناسی ارشد زیست شناسی سلولی و مولکولی (سراسری) دروس امتحانی آزمون کارشناسی ...

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/87-ثبت-نام-در-آزمون-كارشناسي-ارشد-پرديس‌هاي-البرز،كيش-و-ارس-سال1392

پرديس های بين المللي دانشگاه تهران به پشتوانه بيش از 70سال پيشينه موثر دانشگاه تهران در زمينه آموزش ...

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/86-آزمون-سراسری-کارشناسی-ارشد-دانشگاه-آزاد-اسلامی-برگزار-گردید

  آزمون سراسری کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد اسلامی در نوبت صبح امروز شنبه مورخ 11/03/92 برگزار گردید ...

/index.php/86-اطلاعیه-های-ارشد-و-دکتری/85-کلید-اولیه-و-مهلت-ویرایش-شهر-در-کنکور-ارشد-وزارت-بهداشت-۹۲-در-۱۹-خرداد

رییس مرکز سنجش آموزش پزشکی با تاکید بر برگزاری آزمون ارشد علوم‌پزشکی در امنیت کامل، گفت: فقط یک ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/101-مصاحبه-با-دکتر-عبدالرضا-باقری-رکن-آبادی

 دكتر عبدالرضا باقري متولد سال 1337 از روستای رکن آباد شهرستان میبد يزد متخصص ژنتيك و اصلاح ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/100-مصاحبه-با-معاون-پژوهشی-پژوهشگاه-ابن-سینا-«دکتر-محمد-رضا-صادقی»-قسمت-دوم

قسمت دوم اجازه دهید در مورد نحوه سازمان یابی  پژوهشکده ها و جزئیات فعالیت آنها از شما بپرسم تا ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/99-مصاحبه-با-معاون-پژوهشی-پژوهشگاه-ابن-سینا-«دکتر-محمد-رضا-صادقی»-قسمت-اول

قسمت اول پژوهشگاه ابن سینا که از زیرمجموعه های جهاد دانشگاهی است، یکی از مراکز تحقیقاتی به نام ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/98-مصاحبه-با-پژوهشگر-موفق-در-زمینه-ی-نانو-فناوری

به گفتگو با نماینده ی یک گروه  تحقیقاتی موفق در زمینه نانوفناوری می پردازیم که هم کارهای بسیار ی را ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/97-مصاحبه-با-جناب-آقای-وحید-خیرالهی

1)      ضمن عرض تبریک مجدد بابت موفقیت بزرگی که بدست آورده اید، لطفا خودتان رو معرفی کنید و ...

/index.php/87-مصاحبه-های-بیوتکنولوژی/96-مصاحبه-با-رتبه-1-زیست-فناوری-پزشکی-آزمون-ارشد-وزارت-بهداشت-88-89

دوره کاردانی: دانشگاه علوم پزشکی ایران ورودی مهر83 دوره کارشناسی: دانشگاه علوم پزشکی شیراز ورودی ...

/index.php/88-اطلاعیه-های-دکتری/92-زمان-مصاحبه-دكتري-تخصصي-phd-دانشگاه-آزاد-اسلامي-اعلام-شد

  زمان مصاحبه  دكتري تخصصي (PHD) دانشگاه آزاد اسلامي اعلام شد.داوطـلبان مي توانند با مراجعه به سايت ...

/index.php/88-اطلاعیه-های-دکتری/91-نتايج-اوليه-آزمون-دكتري-تخصصي-دانشگاه-آزاد-اسلامي-اعلام-شد

نتايج اوليه آزمون دكتري تخصصي دانشگاه آزاد اسلامي (PHD) امروز چهارشنبه مورخ 25/02/92 ساعت 15:00 ...

/index.php/88-اطلاعیه-های-دکتری/90-اعلام-نتایج-اولیه-دکترای-دانشگاه-آزاد-در-اردیبهشت-پذیرش-۲-هزار-نفر-پس-از-انجام-مصاحبه-در-شهریورماه

به نقل از خبرگزاری آنا: رئیس مرکز آزمون دانشگاه آزاد اسلامی گفت:نتایج اولیه آزمون دکتری در ...

/index.php/88-اطلاعیه-های-دکتری/89-اعلام-نتايج-اوليه-آزمون-ورودي-دوره-دكتري-92

به اطلاع كليه داوطلبان شركت كننده در آزمون ورودي دوره دكتري «Ph.D» (نيمه‌متمركز) سال 1392 مي‌رساند؛ ...

/index.php/88-اطلاعیه-های-دکتری/88-نتايج-اوليه-ازمون-ورودي-دوره-دکتري-92-هفته-آخر-فروردين-ماه

بدين وسيله به اطلاع كليه داوطلبان شركت كننده در آزمون ورودي دوره دكتري «Ph.D» نيمه‌متمركز سال 1392 ...

آخرین مقالات

/index.php/90-مقالات-آموزشی/239-استفاده-از-سلول-های-بنیادی-برای-بازسازی-کبد

استفاده ازسلولهای بنیادی برای بازسازی کبدکبد دارای ظرفیت منحصر به فردی برای ترمیم آسیب هاست که این ...

/index.php/90-مقالات-آموزشی/238-سلولهای-بنیادی-و-بازسازی-کلیه

  بیماری های کلیوی در سراسر جهان رو به افزایش است . علاوه بر جلوگیری از آسیب کلیه ، بازسازی بافت ...

/index.php/90-مقالات-آموزشی/227-حفظ-ژن-های-کلیدی-دخیل-در-باروری-بر-روی-کروموزوم-y

کروموزوم Y علیرغم اندازه کوچکش شامل ژن هایی می باشد که در باروری جنس نر دخیل است. بسیاری از ژن ...

/index.php/90-مقالات-آموزشی/226-راز-hiv-همچنان-باقی-است

  به گزارش  جامعه ی دانشجویان بیوتکنولوژی، در تحقیق منتشر شده در24 اکتبر، کارشناسان بیماری های ...

/index.php/90-مقالات-آموزشی/219-ضربان-سلول-های-قلبی-در-دیش-آزمایشگاه-ایجاد-بافت-جدید-به-جای-پیوند-قلب

سلول های بنیادی می توانند به هر نوع سلولی تبدیل شوند. سلول های بنیادی بالغ هم می توانند به انواع ...

آخرین ویدئو آموزشی

Back to Top

Template Design:Dima Group